Dasar Pemikiran:
Pembangunan Nasional sesuai amanah GBHN 1993 pada hakikatnya merupakan rangkaian upaya yang berkesinambungan dalam melaksanakan tugas mewujudkan cita-cita Nasional yang termasuk dalam pembukaan Undang-Undang Dasar 1945, yakni; melindungi seluruh bangsa dan tumpah darah Indonesia, memajukan kesejahteraan umum, mencerdaskan kehidupan bangsa, serta turut serta melaksanakan ketertiban dunia yang berdasarkan kemerdekaan, perdamaian abadi dan keadilan sosial.
Pembangunan Nasional jangka panjang kedua yang telah dimulai sejak bulan April 1994, disebut juga sebagai Era Pembangunan Tinggal Landas. Secara periodik melalui tahapan-tahapan REPELITANYA, perwujudan masyarakat yang adil dan makmur merata material dan spiritual berdasarkan pancasila dan Undang-Undang Dasar 1945 harus tampak secara optimal dan dengan usaha yang maksimal.
Dari kacamata Agama, kunci kualitas manusia dan masyarakat Indonesia adalah terletak pada kualitas Iman, Ilmu dan asalnya. Amal adalah muara ilmu, dalam arti bahwa setiap orang harus beramal sesuai dan menurut ilmunya. Akan tetapi pengamalan ilmu harus duduk di atas fondasi Iman, sebab tanpa Iman yang mapan, maka Ilmu hanya akan membawa kehancuran dalam hidup dan atau kehidupan manusia.
Bahwa kontribusi kesatuan alur antara Iman, Ilmu dan Amal, hanya mungkin bisa terwujud melalui jalur Pendidikan Agama dalam seluruh jenjang dan jenisnya.
Secara historis, tujuan pendirian Fakultas Syari’ah Raha pada tanggal 24 Maret 1983 yang disusul dengan pendirian Fakultas Ushuluddin pada tanggal 1 Oktober 1984 adalah untuk menciptakan generasi masyarakat Muna yang berwatak Islamik dan berkualitas ilmiah. Kecuali itu dimaksudkan agar kedua fakultas tersebut ini dapat berfungsi sebagai penangkal dan atau pembendung kemungkinan degradasi akhlak yang timbul karena pengaruh rembesan kamajuan peradaban dan budaya asing yang senantiasa bergerak menyusup secara dinamis dan sangat radikal.
Pemberlakuan peraturan pemerintah Nomor 33 Tahun 1985, tentang pokok-pokok Organisasi IAIN dan Keputusan Presiden Nomor 9 Tahun 1987 tentang Susunan Organisasi IAIN dimana Fakultas Syari’ah dan Fakultas Ushuluddin Raha tidak lagi termasuk dalam struktur Organisasi IAIN Alauddin, berarti secara yuridis kedua Fakultas tersebut ini harus dihentikan kegiatannya menyelenggarakan pendidikan tinggi. Dengan surat Edaran Rektor IAIN Alauddin tertanggal 15 Mei 1993 yang menyatakan pemberhentian penerimaan Calon Mahasiswa pada Fakultas-Fakultas filial, maka praktis sejak tahun akademik 1993/1994 Fakultas Syari’ah dan Fakultas Ushuluddin Raha tidak lagi diperkenankan menerima Calon Mahasiswa Baru. Dan tinggallah kedua fakultas ini menghabiskan program semester mahasiswa yang ada hingga menyelesaikan kesarjanaan mereka. Dan secara praktis pada tahun akademik 1996/1997 selesailah seluruh program perkuliahan pada kedua fakultas tersebut. Sebagai sebuah institusi yang dipersiapkan untuk membina akhlak manusia sekaligus untuk membendung dan atau menangkal segala bentuk dekadensi moral, maka missi Fakultas Syari’ah dan Fakultas Ushuluddin Raha harus dilanjutkan. Kemungkinan graduasi pembangunan sektor Agama dalam kehidupan masyarakat Muna perlu segera diantisipasi. Jalan keluarnya ialah mengganti keberadaan Fakultas Syari’ah dan Fakultas Ushuluddin Raha dengan sebuah Sekolah Tinggi Agama Islam dengan missi dan fungsi yang sama.
Dasar Hukum Pendiriannya:
Dengan mengingat urgensi eksistensialnya sekaligus dengan didorong oleh keinginan luhur yang bermotifkan aspirasi masyarakat, Ketua Yayasan Pembina Fakultas Syari’ah dan Fakultas Ushuluddin Raha, segera mengambil langkah strategis dengan membentuk Yayasan Pembina Perguruan Islam Syarif Muhammad dengan Akta Notaris Nomor 101 tertanggal 25 Agustus 1993.
Dengan bersandar pada Undang-Undang Nomor 2 Tahun 1989 tentang Sistem Pendidikan Nasional, Peraturan Pemerintah Nomor 30 Tahun 1990 tentang Pendidikan Tinggi dan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 0686/u/1991 tentang Pedoman Pendirian Perguruan Tinggi, Ketua Yayasan Pembina Perguruan Islam Syarif Muhammad selanjutnya melakukan konsultasi dengan pihak Kopertais Wilayah VIII di Ujung Pandang dengan sekaligus menyampaikan permohonan tertulis mendirikan Perguruan Tinggi Agama Islam Swasta di Raha terhitung mulai Tahun Akademi 1993/1994.
Izin pendirian dari Kopertais Wilayah VIII diberikan dengan suratnya Nomor KS-I/PP.01/1771/93 yang menyatakan menyetujui pendirian Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah. Namun berdasarkan beberapa pertimbangan yang disampaikan dalam rapat pengurus Yayasan pada tanggal 4 September 1993, akhirnya ditetapkan untuk mendirikan Sekolah Tinggi Ilmu Agama Islam Syarif Muhammad. Kesepakatan tersebut ini selanjutnya dituangkan melalui Surat Keputusan Yayasan Nomor SK.01/YPPI-SM/IX/93 tentang pembukaan dan penerimaan Calon Mahasiswa Sekolah Tinggi Ilmu Agama Islam Syarif Muhammad Raha untuk dua jurusan, yakni Jurusan Ilmu Tarbiyah dan Jurusan Ilmu Qadha terhitung Tahun Akademi 1993/1994.
Kenyataan bahwa Jurusan Ilmu Qadha tidak mendapat minat dari kalangan pendaftar, maka atas beberapa saran dari pengurus yayasan, disepakati untuk meniadakan Jurusan Ilmu Qadha dan menggantinya dengan Jurusan Bimbingan dan Penyuluhan Agama. Kesepakatan tersebut ini dituangkan melalui Surat Keputusan Ketua Yayasan Nomor Kep.02/YPPI-SM/IV/1994 tentang Penetapan Jurusan-Jurusan pada Sekolah Tinggi Agama Islam Syarif Muhammad Raha. Dengan SK Menteri Agama Nomor 53 Tahun 1994 tentang Pedoman Pendirian Perguruan Tinggi Agama Islam Swasta, nama Sekolah Tinggi Ilmu Agama Islam diganti menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam.
Tahun Akademik 1994/1995 dibuka dua jurusan yakni, Jurusan Pendidikan Agama Islam dan Jurusan Bimbingan dan Penyuluhan Agama. Izin operasional STAI Syarif Muhammad Raha yang dikeluarkan oleh Koordinator Kopertais Wilayah VIII Nomor KS-I/PP.00.9/171/93 Tanggal 7 Juli 1993
Pada tahun 1994 Ketua STAI Syarif Muhammad Raha mengajukan permohonan rekomendasi Status Terdaftar dengan melengkapi semua syarat yang ditetapkan sesuai peraturan perundangan. Permohonan tersebut dilanjutkan oleh Koordinator Kopertais Wilayah VIII kepada Menteri Agama dengan surat Nomor KS.I/PP.00.9/83/1994 tanggal 25 Juni 1994 dengan nilai akreditasi 85 point. Pada tanggal 15 Januari 1996 STAI Syarif Muhammad Raha di Akreditasi oleh Tim Akreditasi dari Dirjen Bimbaga Islam Departemen Agama. Tanggal 9 Juni 1996 dikeluarkan SK Menteri Agama Nomor 261 Tahun 1996 tentang Penetapan Status Terdaftar STAI Syarif Muhammad Raha.